За переписом населення 1939 року в СРСР налічувалося 75 763 карачаївця, з яких 70 301 особа проживала в Карачаївській автономної області, що становило 46,8% населення. У середині серпня 1942 року на цю територію вступили німецькі війська. Вже в перший період окупації Карачаївська область зазнала значних втрат в людських і матеріальних ресурсах. Було замучено і розстріляно багато росіян, карачаївців, осетинів, абазинів і представників інших народів. Знищено 150 тис. голів худоби, зруйновано підприємства, перетворено на стайні місцеві школи.

У січні 1943 року область звільнили від німецьких військ. Свої невдачі в перші місяці і роки війни радянська влада оголосила наслідком дій «зрадників і ворогів народу». Указом ПВС СРСР № 115/13 від 12 жовтня 1943 року «Про ліквідацію Карачаївської автономної області і про адміністративний устрій її території» було поставлено завдання переселити всіх карачаївців в інші райони СРСР, а Карачаївську автономну область ліквідувати. Її територія була розділена між сусідніми суб’єктами і пропонувалася до заселення «перевіреними категоріями трудящих».

Депортація карачаївців була здійснена 2–5 листопада 1943 року. Для силового забезпечення виселення були задіяні військові формування чисельністю в 53 327 осіб. Всього було відправлено 34 ешелони, 2000–2100 осіб у кожному, вагонів було близько 58 в ешелоні, останні 3 склади вийшли 5-го листопада і 19-го були ще в дорозі…

У своїх спогадах Анастас Мікоян, що вірно служив радянській владі і зробив кар’єру від секретаря Північнокавказького крайкому ВКП(б) до голови Президії Верховної ради СРСР, так охарактеризував прийняте Сталіним рішення про тотальну депортацію народів:

«… Протягом доби-двох завантажувалися вагони і вирушали в інші місця. Була така висока організованість, яку, звичайно ж, потрібно було б застосовувати в іншій справі, а не в такій ганебній…

Гнітюче враження на мене справило те, що Сталін домігся виселення цілих народів − чеченців, інгушів, калмиків, карачаївців, балкар, кабардинців, німців Поволжя та інших − з їхніх споконвічних земель в європейських районах і в Закавказзі, а також татар з Криму, греків з Закавказзя вже після того, як німці були вигнані з територій, де проживали ці народи.

Я заперечував. Але Сталін пояснював це тим, що народи були нелояльними до Радянської влади, співчували німецьким фашистам. Я не розумів, як можна було звинувачувати цілі народи мало не в зраді, адже там же є партійні організації, комуністи, маса селян, радянська інтелігенція! Було багато мобілізовано в армію, воювали на фронті, багато представників цих народів отримали звання Героїв Радянського Союзу! Але Сталін був упертий. І він наполіг на виселенні всіх до єдиного з обжитих цими народами місць… », − писав Мікоян.

У Середню Азію були депортовані не тільки ті карачаївці, які волею долі опинилися в німецькій окупації. Згодом з армії звільнялися всі військовослужбовці карачаївської національності і також відправлялися на заслання на спецпоселення. Разом з репресованими народами були виселені деякі представники інших народів, чия депортація не передбачалася.

Про скорботну дату в історії карачаївців згадують в соцмережі Фейсбук представник Чеченської Республіки Ічкерія в Естонії, призначений ще за часів першого президента Ічкерії Джохара Дудаєва Імран Ахаєв, Анар Гаджиєв і багато інших користувачів:

Зокрема, Рамазан Узденов процитував уривок вірша, що свідчить про любов карачаївців до рідної землі:

…Однажды друга встретил с чемоданом.
— «Ну, что везешь? Успел богатым стать?»
— «Останки матери я вырыл» — он ответил,
— «Везу на Родину, чтоб их земле предать!»

− У 1943–44 роках, коли понад 15 000 чоловіків-карачаївців билися на фронтах Великої Вітчизняної війни, з Карачаєво-Черкесії були депортовані близько 70 тис. старих, жінок і дітей. Вони були вивезені на поселення в Казахстан і Киргизію. Велика частина репресованих, а це 43 тис. осіб, у тому числі 22 тис. дітей, загинули дорогою в місцях переселення від голоду, холоду і хвороб.

− У 1957 році карачаївцям дозволили повернутися на батьківщину, перший ешелон на Північний Кавказ прибув 3 травня.

− Російська імперія показала свою сутність. Вона завжди була підступною. І ось «білого царя» замінив «червоний цар», настав час нових випробувань для народів. Тиран Сталін, який влаштував в Україні жахливий Голодомор в 1932–33 рр., цілком імовірно, задумував тотальну депортацію й українців та інших великих народів, але переселення 50 млн осіб − проект, який опинився технологічно і технічно непосильним навіть йому. Тому імперська сила в 40-ті роки була спрямована проти малих народів: Криму, Північного Кавказу, Поволжя тощо. До того часу Казахстан, Україна, Прибалтика та й сама Росія пережила хвилю державного терору: знищувалася цвіт нації і народів. Мільйони людей були засуджені, вислані або розстріляні. Через безкарність підступна система перейшла від окремих людей на цілі народи − щоб «покарати» …

«Карачай − нейтральний народ, що живе біля підошви Ельбрусу. Відрізняється вірністю, красою і хоробрістю», − колись сказав Л. М. Толстой. Звідки було знати, що цей народ в майбутньому чекає багато випробувань і трагедій? Але які б ці випробування не були, як би не були вони заповнені підступними і жорстокими сценами, ворогам не вдалося знищити цей мусульманський народ і вони вижили з волі Аллага, бо дух у них сильнішим виявився, ніж у ворога.

− Так сталося, що депортація стала невід’ємною частиною історії наших народів. Маленькі народності особливо відчули на собі імперський каток. У нескінченному сталінському етапі в Сибір і на Колиму йшли і йшли, втрачаючи друзів і рідних, цілі сім’ї. І ця депортація здавалася нескінченним лихом. Але тирану не вдалося знищити цілі народності. Силу духу не подолати ніколи. Нехай буде проклятий тиран, імперія і насильство! Нехай буде проклятий Сталін і його команда. Горіти їм усім у Пеклі іншаАллаг.