Начиная со второй половины XVIII в. и до середины XIX в. Османская империя подвергалась почти непрерывным атакам со стороны России, Австрии и Франции. Время от времени к этим атакам присоединялись Англия и Персия. Еще никогда внешнеполитическое положение государства не было настолько тяжелым.
Вступивший на престол после свержения Мустафы IV султан Махмуд II был заинтересован в продолжение политики реформ Низам-и Джедид. Его главным сторонником и опорой был великий визирь (глава правительства) Мустафа-паша Байрактар. Оказавшись на высоком государственном посту, Байрактар уволил с должностей всех прежних министров Мустафы IV, заменив их реформаторами. Он продолжил процесс реформирования армии, ограничив влияние янычар и делая ставку на увеличение корпуса Низам-и Джедид. Вместе с тем великий визирь попытался расширить опору власти, заключив соглашение с мятежными губернаторами (аянами) османских провинций в Анатолии. В сентябре 1808 года на встрече в Стамбуле Мустафа-паша Байрактар и четыре влиятельных аяна подписали официальное соглашение, названное позднее «Хартией союза». Это соглашение состояло из семи параграфов:
1. Аяны будут оказать почтение султану.
2. Аяны обязуются предоставить свои воинские части в распоряжение султанской армии.
3. Аяны окажут финансовую поддержку государственной казне.
4. Аяны будут подчиняться приказам великого визиря при условии, что приказы не будут незаконными. Аяны обязуются не вмешиваться в сферы влияния других аянов.
5. Султанское правительство признает правомочность аянов, а также гарантирует неприкосновенность их собственности. Кроме того, поместья аянов были объявлены наследственными.
6. Аяны обещают поддерживать султана в случае антиправительственных мятежей.
7. Великий визирь будет советоваться с аянами при решении налоговых вопросов, а аяны не станут притеснять бедняков.
По сути это соглашение было первым шагом по превращению абсолютной монархии в некое подобие конституционной. В резиденции Махмуда II очень быстро поняли, что речь идет об ограничении власти султана. Все это привело к охлаждению отношений между Топкапы и Высокой Портой (резиденциями султана и правительства).
Деятельность великого визиря вызвала возмущение в рядах янычар. Зная о разногласиях между султаном и главой правительства, они решили воспользоваться ситуацией, организовав бунт, направленный исключительно против Мустафы-паши Байрактара. 15 ноября 1808 года толпа вооруженных янычар собралась у дома великого визиря. Понимая, что у него нет шансов спастись, Байрактар поджег находившийся в доме пороховой погреб. В результате мощного взрыва вместе с ним погибло около 400 янычар.
Гибель великого визиря вынудила султана Махмуда II пойти на уступки консерваторам, отстранив от рычагов власти сторонников реформ. Перед молодым султаном стоял ряд сложных задач, связанных, как с внешнеполитическим проблемами (продолжавшаяся русско-турецкая война 1806–1812 гг.), так и с внутренними конфликтами. Поначалу султан отложил решение проблемы янычар до более благоприятного момента. Махмуд II, в отличие от своих предшественников, умел выжидать и готовить почву для уничтожения противников.
После смерти Байрактара аяны, более не связанные обязательствами, продолжили фактически сепаратистскую политику в провинциях, особенно это было заметно на Балканах. Для борьбы с ними султану пришлось прибегнуть к целому комплексу мер. Он использовал политику «кнута и пряника». Наиболее серьезным противником Стамбула был губернатор Египта Мухаммад Али. Долгое время египетский правитель оставался надежным союзником султана, но укрепив свою власть, стал претендовать на создание независимого государства. В ходе начавшейся войны египетская армия неоднократно побеждала османские войска. В начале 30-х годов XIX века само существование Османской империи было поставлено под угрозу после того, как египтяне вторглись в Малую Азию и разгромили османов в битве при Конье (1832). Лишь вмешательство европейских государств спасло Стамбул от нашествия.
После многих лет борьбы султану Махмуду II удалось подавить сопротивление мятежных аянов, создав централизованную систему управления государством. Впрочем, проблема янычар оставалась нерешенной вплоть до 1826 года. Готовясь к ликвидации янычарского корпуса, султан постепенно увеличивал свою армию, созданную на базе Низам-и Джедид. К 1826 году все было готово для роспуска янычар с целью ликвидации их влияния на государство. В Стамбуле большинство населения ненавидело янычар за их высокомерие и творимые бесчинства. Этим воспользовалось османское правительство, раздав оружие своим сторонникам.
29 мая 1826 года султан Махмуд II издал фирман (указ) о создании регулярной армии, которая формировалась на основе призыва на военную службу. Среди призванных в новую армию было немало бывших янычар. Командиры янычарского корпуса сразу же поняли, что вскоре за этим фирманом последует указ о ликвидации их воинских подразделений.
15 июня в столице началось восстание янычар, требовавших отмены указа от 29 мая. К моменту восстания правительственные войска были полностью готовы к подавлению мятежа. Центром мятежников стала стамбульская площадь Этмейдан и казармы янычар. Султан призвал своих сторонников в Стамбуле присоединится к рядам правительственной армии. Его призыв нашел отклик у многих тысяч жителей столицы.
По приказу правительства артиллерия открыла шквальный огонь по янычарам, которые не смогли организовать сопротивление. В ходе подавления восстания за несколько часов было убито около 4000 янычар. Еще несколько тысяч были схвачены, из них 300 человек казнили по приговору специально созданных судов. Спустя два дня было объявлено о ликвидации янычарского корпуса, но восстания янычар и их сторонников продолжались еще несколько месяцев. Последней вспышкой сопротивления стал бунт в Стамбуле, произошедший 17 октября 1826 года. В нем приняли участие янычары, которых еще весной перевели в состав новой регулярной армии. Но и эта попытка была быстро подавлена султанскими войсками.
Разгром янычарского корпуса стал местью реформаторов своим противникам за гибель Мустафы-паши Байрактара и султана Селима III. Махмуду II удалось добиться успеха там, где потерпели неудачу его предшественники. Вместе с тем его реформы встречали сопротивление консервативной части общества, считавшей, что нововведения подрывают исламский характер Османской империи. Однако у Махмуда II было свое видение государственного устройства и решения существовавших проблем. Незадолго до своей смерти в 1839 году он разработал план еще более радикальных преобразований, но так и не успел их осуществить. Эти преобразования получили название Танзимат (Реорганизация). Осуществлять их довелось сыну Махмуда II, султану Абдул-Меджиду I.
