В конце XV века Османская империя расширила свое влияние на весь регион Северного Причерноморья. Благодаря военным усилиям султана Баязида II (1447–1512) Молдавское государство и Великое княжество Литовское потеряли выход к Черному морю.
Доставшиеся османам новые территории, были слабо заселены, а их роль в экономике первое время была незначительной. Вместе с тем новые земли обладали одним несомненным достоинством: они стали форпостом Османской империи, позволявшим осуществлять контроль за всем Черным морем, которое фактически превратилось во «внутреннее озеро». Отныне доступ в него был запрещен иностранным кораблям. Особая роль в стратегии Стамбула отводилась Крымскому ханству, являвшемуся не только вассалом османов, но и надежным союзником в борьбе против христианских государств.
Для закрепления за собой Северного Причерноморья османское правительство спешило восстанавливать ранее существовавшие крепости и замки, в первую очередь Килию и Аккерман, которые серьезно пострадали от штурма султанскими войсками. Любопытным представляется замечание, сделанное султаном Баязидом в письме своему корреспонденту в Стамбуле о взятии крепости Аккерман: «Эту крепость взяли за два дня, укрепили ее и вернулись».
Некоторая доля пренебрежения, сквозящая в словах султана, не отражает важности свершившегося события. Хорошо известно, что Килия была взята турками лишь с третьего раза, тогда как первые два штурма, в 1462 и 1475 годах, закончились неудачей.
Разумеется, процесс восстановления и укрепления крепостей занял не один день, но сделана эта работа была достаточно быстро, поскольку в армии султана был большой штат квалифицированных архитекторов, инженеров и строителей. Почти одновременно с восстановительными работами начинается строительство новых фортификационных сооружений, продолжавшееся с перерывами вплоть до последней четверти XIX в., когда османы были вынуждены покинуть Северное Причерноморье.
Крепостные сооружения Килии существовали как минимум с XV в. В османский период их существенно перестроили и усилили, чтобы они соответствовали канонам фортификаций своего времени. Сохранилось несколько описаний Килийской крепости, датированных XVII–XVIII вв. Одним из наиболее интересных является описание московского иеромонаха, а по совместительству разведчика, Арсения Суханова (1651). В своем докладе царю Алексею Михайловичу он сообщает:
«В 29 день [мая] поехали от Измаила, ночевали в Килии. Килия, по-латыни Колия, город каменный, крепок добре, башни часты, бою поземного (нижнего уровня амбразур) нет, стоит на ровном месте низком, вода из Дуная по самую стену; а как полая вода, ино стрех сторон все вода обольет, а с одной стороны посад от русской [северной] стороны; христиан, и греков и волохов на посаде много, и церковь есть; а в городе христиан нет: все турки. В ночи на городе сторожа и внутри города; ино и город не велик, а в нем 5 башен, и велики добре, и высоки; а хоромы деревянные и покрыты деревом. Подкопу быть нельзя, камышу добре много около города, около города ров, и с двух сторон ров каменный со стеной и башнями».
Немного позднее Арсения Суханова, в 1656–1658 годах, Килию посетил османский путешественник и писатель Эвлия Челеби, который интересовался не только фортификационными сооружениями города, но и его культурной, экономической и религиозной жизнью. Оставленное Челеби описание — одно из наиболее ценных исторических свидетельств, благодаря которому можно узнать множество ранее неизвестных аспектов жизни причерноморских городов Османской империи:
«Эта крепость (Килия), расположенная в устье Дуная при впадении его в Черное море, имеет форму круга, как Измаил и Аккерман. Она представляет собой ни с чем не сравнимое прочное сооружение с тремя рядами стен. С одной стороны внешних укреплений совершенно нет. Это прелестная крепость на низком, ровном месте, с большим количеством превосходных лугов, виноградников и садов. Южная сторона крепости, идущая вдоль Дуная, имеет полных 1000 шагов. Сторона, выходящая на сушу, имеет 2000 шагов. Значит, окружность ее 3000 шагов. Сторона, выходящая на сушу, имеет три ряда стен, а со стороны Дуная — два ряда стен, но рва нет. Всего 170 укреплений. <…>
На запад от Большой крепости, на равнине, расположился большой посад в форме пятиугольника. В одиннадцати кварталах посада имеется 2000 крытых дранкой двухэтажных и одноэтажных домов с крытыми дворами. Всего 17 михрабов, и еще одна большая соборная мечеть, находящаяся у рынка, имеющая многочисленных прихожан. Здание этой мечети, простое и изящное, прекрасно отделано. Когда Мелек Ахмед-паша пожаловал в эту мечеть, чтобы совершить пятничный намаз, то все воины, произнося благопожелательные молитвы за падишаха и издавая кличи во славу Аллаха и (пророка) Мухаммада, дали залп из пушек и ружей. Земля Килии задрожала от этого, как при землетрясении. Много начальных школ. В торговых рядах на берегу реки имеется баня, которая крыта свинцом. Во всей округе нет такого светлого и восхитительного здания. Имеется пятьсот лавок, в которых находятся представители всяких цехов. Есть также караван-сараи для купцов».
Рассказ Эвлии Челеби основан на личных впечатлениях, из которых складывается достаточно точное представление о тех городах и крепостях, которые он посетил. Интересным представляется замечание Челеби о том, что в Килие много начальных школ, что свидетельствует о достаточно высоком уровне образования в городе. Вероятно, в этих школах учились дети купцов, ремесленников и чиновников, для которых умение читать и знание арифметики было жизненно необходимо, учитывая особенности профессий их родителей. Кроме того, школы закладывали основы религиозного образования юных мусульман.
О том, что Килия была большим и богатым городом свидетельствует и тот факт, что рядом с городским посадом находились
«виноградники и сады в бесчисленном множестве. Из наиболее восхваляемых [продуктов] — килийская бастырма из говядины и баранины. Бывает очень вкусное и хорошего откорма постное мясо. Также [хороши] мед, масло, пшеница, много рыбы».
Об этом Эвлия Челеби сообщает, используя превосходные эпитеты.
Расцвет Килии пришелся на XVII век, когда город и его крепость находились в центре внимания султанского правительства, учитывая его важную роль в торговле и серьезное военное значение. В этот период Килия была перевалочным пунктом турецких войск и крупной военно-морской базой Османской империи.