Після пограбування хрестоносцями Ая-Софії її внутрішній блиск трохи змерк. Від часів імператора Юстиніана храм був оздоблений численними виробами з золота, срібла та слонової кістки. Це все вивезли на Захід «вірні слуги католицької церкви». У давньоруській повісті «О взятии Царьграда от фряг» («Про взяття Царгорода хрестоносцями»), написаної, ймовірно, свідком штурму Константинополя хрестоносцями, сказано:
«Увірвалися фряги (хрестоносці) до Святої Софії та обдерли двері, і розбили їх, і амвон, весь кованийсріблом, і 12 стовпів срібних, і 4 ковчежних; і скрижаль розрубали, і 12 хрестів, що були над вівтарем, а між ними — шишки, наче дерева, вище за людину, і стіну вівтарну між стовпами, і це все було срібне. І обдерли чудовий жертовник, зірвали з нього дорогоцінні камені й перли, а сам невідомо куди поділи. І викрали 40 судин великих, що стояли перед вівтарем, і панікадила, й світильники срібні…і безцінний святковий посуд».
Перелік усього, викраденого в Константинополі, не вмістився б і на сторінках величезної книги. До нашого часу збереглася лише деяка частина вивезеного. Дивлячись на знаменитий собор святого Марка у Венеції, можна виявити фрагменти скарбів Візантії. Основа знаменитого Пала д’Оро, Золотого вівтаря собору — 250 мініатюр, украдених у Константинополі. Порфірові тетрархи здертоз колони імператора Константина та «вмонтовано» у фасад собору. А готичну церкву Сан-Шапель у Парижі спеціально побудовано для зберігання цінностей, украдених на берегах Босфора.
Але головними ворогами Ая-Софії були зовсім не люди, а численні землетруси, що завдавали храму серйозної шкоди. 989 року внаслідок чергового землетрусу зруйновано купол. Щоб зміцнити будівлю, побудували контрфорси — підпірні стіни, йзовнішній вигляд храму серйозно змінився. У XIV столітті новий землетрус знову завалив купол, але за деякий час його відновили.
Після відвоювання Константинополя візантійські імператори прагнули повернути Ая-Софії минулий блиск, але економічні можливості держави були вже не ті. До середини XIV століття основним противником візантійців стала Османська імперія, що до цього часу змогла завоювати території в Європі. Крок за кроком османи підбивали нові й нові землі, помалу наближаючись до Константинополя. 1387 року турки захопили друге за розміром і значенням місто Візантійської імперії — Салоніки. Становище ставало критичним. Султан Баязид I вирішив, що настав час покласти край ослабленій та деморалізованій тисячолітній Візантії.
Облога Константинополя тривала кілька років, але 1402 року в Османської імперії з’явився грізний суперник — емір Тимур. В Ангорській битві (1402) Тимур розгромив перед тим непереможне військоосманів, а самого султана Баязида I взяв у полон. Ситуацією скористалися візантійці, зумівшиповернути деякі території в Європі, зокрема йСалоніки. Але це була тільки відстрочка майбутньої катастрофи. Султан Мурад II (1421–1451) повернув не тільки втрачені землі, а й завоював нові. Він готувався до завоювання Константинополя, але 1451 року несподівано захворів і помер.
На престол зійшов юний султан Мехмед II Фатіх. Він одразу наказав готуватися до штурму Константинополя. Облога міста розпочалася 6 квітня 1453 року й тривала 53 дні. У період розквіту населення столиці Візантії налічувало 1 млн осіб, але в середині XV століття в місті жило лише 50 тисяч осіб, значну частину їх становили венеціанці, генуезці, а також мусульмани, здебільшого купці й торговці. Мусульмани Константинополя користувалися екстериторіальністю: вони не підлягали візантійському судові; мали всірелігійні права, зокрема свої мечеті, й жили в окремому районі міста.
Система оборонних споруд Константинополя, хоч і занепала з часом, однак лишалася досить грізноюсилою. Щоб пробити фортечні стіни, османи виготовили величезні гармати. Напередодні вирішального штурму, 28 травня, останній імператор Візантійської імперії Константин XI брав участь в останній християнській богослужбі в Ая-Софії.
Англійський історик Е. Пірс писав: «Імператор і його свита причастилися Святих Таїн і попрощалися з патріархом. Служба була по суті заупокійною літургією. Імперія була в агонії, і саме належало, щоб службою за її духом, що відлітає,була ця публічна церемонія в найпрекраснішому храмі».
Наступного дня почався вирішальний штурм. Серед жителів міста було чимало готових визнати владу султана. Турки були добре знали про слабкі місця оборони. З третьої спроби османські війська вдерлися до міста. Константинополь упав. 30 травня султан Мехмед II Фатіх відвідав Ая-Софію, прочитавши там 48 суру «Перемога»:
«Воістину, Ми дарували тобі [Мухаммаде,]переконливу перемогу, щоб Аллаг простив тобі гріх, що був давніше та що буде згодом, і щоб довершив Свою милість до тебе та показав тобі прямий шлях, і щоб Аллаг підтримав тебе великою допомогою!» (Коран, 48:1–3).
Усупереч поширеній помилці, Мехмед II Фатіх, не забрав у православних Святу Софію, а уклав спеціальну угоду з Константинопольським патріархатом про передання храму мусульманам. Своєю чергою султан забезпечив православним християнам можливість обирати патріарха (патріарший престол був вакантний від 1450 року). До того ж усі православні перебували під юрисдикцією патріарха, що зберіг над ними судову владу.
Після перетворення собору на мечеть, почалося будівництво мінаретів. Перший, цегляний, зведеноще за Мехмеда II, другий — за його сина, султана Баязида II, третій і четвертий були витворами великого османського архітектора Сінана. Їх спорудили за султанів Селіма II та Мурада III удругій половині XVI століття.
Архітектурний стиль мечеті Ая-Софія справив величезний вплив на всю османську архітектуру. Софія стала зразком під час будівництва величної мечеті Сулейманіє та вплинула на вигляд безлічі мусульманських культових споруд «величного століття».
1935 року мечеть перетворено в музей — викликало протести турецьких мусульман. Остаточну крапку в долі Ая-Софії поставив президент Туреччини Реджеп Таїп Ердоган, підписавши указ про повернення будівлі статусу мечеті. 24 липня 2020 року, уперше за 85 років, в Ая-Софії знову пролунав азан і відправили намаз.
Олександр Степанченко