29 березня Меджліс кримськотатарського народу подав скаргу до Європейського суду з прав людини (ЄСПЛ) у зв’язку з тим, що російська влада додала його у список екстремістських організацій і заборонила його діяльність.
У скарзі до ЄСПЛ Меджліс вказав, що додання його у список екстремістських організацій і припинення його діяльності порушують статтю 11 (свобода зібрань та об’єднань) Європейської конвенції про захист прав людини і основних свобод. Крім того, організацію заборонили, а її членів переслідують у зв’язку з їх політичною позицією, що є порушенням статті 18 (межі використання обмежень щодо прав). Меджліс також поскаржився, що російські суди не визнають його статусу як представницького органу корінного кримського народу, тим самим порушуючи статтю 14 (заборона дискримінації). Члени Меджлісу також стверджують, що були позбавлені права на справедливий судовий розгляд (стаття 6) та що вони не могли припустити, що їх діяльність може порушувати антиекстремістське законодавство (стаття 7 — покарання винятково на підставі закону).
Меджліс в ЄСПЛ представляють Правозахисний центр «Меморіал» (юридичний директор Кирило Коротєєв, юристи Марина Агальцова і Тетяна Глушкова), Європейський центр захисту прав людини (EHRAC, Лондон)таі Українська Гельсінська група з прав людини.
Як нагадує Меморіал, у лютому 2016 року «прокурор» Республіки Крим подав заяву в суд про визнання Меджлісу екстремістською організацією. 26 квітня 2016 року так званий Верховний суд Республіки Крим визнав Меджліс екстремістською організацією. Верховний суд РФ відхилив апеляційну скаргу Меджлісу 29 вересня 2016 року.
Для утисків представників кримськотатарського народу широко використовується російське антитерористичне і антиекстремістське законодавство. Все більше людей звинувачують, часто безпідставно, в тому, що вони є членами «
Правозахисники задокументували 18 насильницьких зникнень, які до сих пір не розслідувані. Тіла декількох активістів знайшли зі слідами побиття і тортур.
Мустафі Джемілєву, колишньому очільнику Меджлісу, і Рефату Чубарову, нинішньому його главі, заборонено в’їжджати на півострів. Проти них порушено кримінальні справи. Кільком членам організації погрожували, гнобили, переслідували їх, десятеро з них звинувачені у скоєнні адміністративних правопорушень і кримінальних злочинів, один знаходиться в ув’язненні.
Влада незаконно обшукує мечеті, ісламські школи та приватні будинки кримських татар. Багато з них були змушені виїхати на материкову Україну або Росію.
Кілька кримськотатарських ЗМІ заборонені, інші переслідуються. Канал АTR — єдиний канал, що веде мовлення кримськотатарською мовою, — був змушений припинити діяльність, оскільки російська влада відмовила йому в отриманні ліцензії. Раніше співробітники ФСБ погрожували співробітникам телеканалу, щоб ті припинили подавати інформацію про переслідування кримських татар та обшуки в їх будинках. Газету Меджлісу «Авдет» виселили з будинку, який вони займали довгі роки, попередньо прокуратура надіслала повідомлення, що в газеті публікуються екстремістські матеріали (наприклад, заклики до бойкоту виборів і використання слів «анексія» та «окупація» стосовно Криму).
На розгляді ЄСПЛ перебуває близько трьох тисяч окремих скарг, що мають стосунок до подій в Криму і на Сході України.
