Починаючи від другої половини XVIII ст. й до середини XIX ст. Османська імперія зазнавала майже безперестанних атак з боку Росії, Австрії та Франції. Іноді до цих атак долучалися Англія та Персія. Ще ніколи зовнішньополітичне становище держави не було таким тяжким.
Султан Махмуд II, що став на престол після скинення Мустафи IV, був зацікавлений продовжити політику реформ Нізам-і Джедід. Його головним прихильником та підпорою був великий везир (голова уряду) Мустафа-паша Байрактар. Опинившись на високій державній посаді, Байрактар звільнив з посад усіх колишніх міністрів Мустафи IV, замінивши їх реформаторами. Він продовжив процес реформування війська, обмеживши вплив яничарів та зробивши ставку на збільшення корпусу Нізам-і Джедід. Водночас великий везир спробував розширити підпору влади, уклавши угоду з бунтівними губернаторами османських провінцій (аянами) в Анатолії. У вересні 1808 року на зустрічі у Стамбулі Мустафа-паша Байрактар і чотири впливові аяни підписали офіційну угоду, названу пізніше «Хартією союзу». Ця угода мала сім параграфів:
1. Аяни шануватимуть султана.
2. Аяни обіцяють надати свої військові частини в розпорядження султанської армії.
3. Аяни нададуть фінансову підтримку державній скарбниці.
4. Аяни підпорядковуватимуться наказам великого везира за умови, що ті не будуть незаконними. Аяни обіцяють не втручатися у сфери впливу інших аянів.
5. Султанський уряд визнає правочинність аянів, а також гарантує недоторканність їхньої власности. Маєтки аянів оголошують спадковими.
6. Аяни обіцяють підтримувати султана в разі антиурядових заколотів.
7. Великий везир радитиметься з аянами, розв’язуючи податкові питання, а аяни не утискатимуть бідаків.
Фактично ця угода була першим кроком перетворення абсолютної монархії на подобу конституційної. У резиденції Махмуда II дуже швидко зрозуміли, що йдеться про обмеження влади султана. Це призвело до охолодження відносин між Топкапи та Високою Портою (резиденціями султана та уряду).
Діяльність великого везира обурила яничарів. Знаючи про розбіжності між султаном і головою уряду, вони вирішили скористатися ситуацією, організувавши бунт саме проти Мустафи-паші Байрактара. 15 листопада 1808 року натовп озброєних яничарів зібрався перед будинком великого везира. Розуміючи, що не має шансів урятуватися, Байрактар підпалив порохівню, що була в будинку. Через потужний вибух разом із ним загинули близько 400 яничарів.
Загибель великого везира змусила султана Махмуда II вдатися до поступок консерваторам, усунувши від важелів влади прибічників реформ. Перед молодим султаном стояла низка складних завдань, пов’язаних як із зовнішньополітичними проблемами (тривала російсько-турецька війна 1806–1812 рр.), так і з внутрішніми конфліктами. Спочатку султан відклав розв’язання проблеми яничарів до сприятливішого моменту. Махмуд II, на відміну своїх попередників, умів вичікувати й готувати ґрунт для знищення противників.
Після смерті Байрактара аяни, вже не пов’язані обіцянками, продовжили фактично сепаратистську політику у провінціях, особливо це було помітно на Балканах. Для боротьби з ними султан мусив удатися до цілого комплексу заходів. Він провадив політику «бича й калача». Найсерйознішим противником Стамбула був губернатор Єгипту Мухаммад Алі. Довгий час єгипетський правитель лишався надійним союзником султана, але зміцнивши свою владу, став претендувати на створення незалежної держави. Під час війни єгипетське військо не раз перемагало османське. На початку 30-х років XIX ст. саме існування Османської імперії було загрожене, коли єгиптяни вдерлися в Малу Азію та розгромили османів у битві під Коньєю (1832). Лише втручання європейських держав урятувало Стамбул від навали.
Після багатьох років боротьби султанові Махмуду II вдалося придушити опір бунтівних аянів, створивши централізовану систему керування державою. Утім проблема яничарів лишалася нерозв’язаною аж до 1826 року. Готуючись до ліквідації яничарського корпусу, султан помалу збільшував свою армію, створену на базі Нізам-і Джедід. До 1826 все було готове для розпуску яничарів із метою ліквідації їхнього впливу на державу. У Стамбулі більшість містян ненавиділа яничарів за їхню зарозумілість і бешкети. Цим скористався османський уряд, роздавши зброю своїм прихильникам.
29 травня 1826 року султан Махмуд II видав фірман (указ) про створення регулярної армії, що формувалася на основі призову на військову службу. Серед призваних до нової армії було чимало колишніх яничарів. Командири яничарського корпусу одразу зрозуміли, що незабаром з’явиться й указ про ліквідацію їхніх військових підрозділів.
15 червня у столиці почалося повстання яничарів, що вимагали скасувати указ від 29 травня. На момент повстання урядові війська були цілком готові до придушення заколоту. Центром бунтівників стала стамбульська площа Етмейдан і казарми яничарів. Султан закликав своїх прихильників у Стамбулі приєднатися до лав урядової армії. На його заклик відгукнулися багато тисяч жителів столиці.
За наказом уряду артилерія відкрила шквальний вогонь по яничарах, що не змогли організувати опір. Під час придушення повстання за кілька годин вбито близько 4000 яничарів. Ще кілька тисяч схопили, з них 300 людей стратили за вироком спеціально створених судів. За два дні оголосили про ліквідацію яничарського корпусу, але повстання яничарів та їхніх прихильників тривали ще кілька місяців. Останнім спалахом опору став бунт у Стамбулі 17 жовтня 1826 року. У ньому взяли участь яничари, що їх ще навесні перевели до складу нової регулярної армії. Але цю спробу швидко придушили султанські війська.
Розгром яничарського корпусу став помстою реформаторів своїм супротивникам за загибель Мустафи-паші Байрактара та султана Селіма III. Махмудові II вдалося досягти успіху там, де зазнали невдачі його попередники. Натомість його реформам опиралася консервативна частина суспільства, яка вважала, що новозаведення підривають ісламський характер османської імперії. Але Махмуд II мав своє бачення державного ладу та розв’язання відповідних проблем. Незадовго перед своєю смертю 1839 року він розробив план ще радикальніших перетворень, але так і не встиг їх здійснити. Ці перетворення отримали назву Танзімат (Реорганізація). Втілювати їх довелося синові Махмуда II, султанові Абдул-Меджиду I.
