Після захоплення російською армією 1789 року османської фортеці Хаджибей почався новий відлік історії стародавнього міста. Такий новий, що після перейменування Хаджибея на Одесу 1795-го імперська влада вирішила геть закреслити все, пов’язане з Хаджибеєм, і розпочати відлік існування міста від кінця XVIII ст. За короткий час у Хаджибеї знесено всі більш-менш значні споруди, починаючи з замку, що був на території нинішнього Приморського бульвару, й закінчуючи кам’яною мечеттю, розташованою у кварталі між Археологічним і Літературним музеями.
Ідею про те, що на місці «маленького татарського села» за указом Катерини II збудували сучасне європейське місто, всіляко культивували представники імперської та радянської історіографії. Про абсурдність цього твердження свідчить рапорт Катеринославського губернатора В. Каховського Катерині II від 5 травня 1792 року. У ньому, зокрема, сказано:
«Отъ развалинъ бывшихъ тутъ строеній камня много. Онаго будетъ достаточно на построеніе при первомъ случае домов для ожидаемыхъ къ обитанію в семъ мѣсте».
Цей документ — пряме свідчення того, що перші будівлі міста зведено з каменю, що лишився після руйнування османського Хаджибея.
Однією з перших спроб відновити історичну справедливість і пов’язати новітню історію Одеси з історією Хаджибея стала видана 1894 року робота дослідника О. Маркевича «Город Качибей или Гаджибей — предшественник Одессы». Це була солідна наукова праця, де зазначалося, що історія Одеси бере свій початок не від якихось указів російських царів, а має глибоке історичне коріння.
Найскладнішим для вивчення періодом історії Хаджибея (Одеси) слід, безумовно, вважати період XIV–XVII ст. через те, що кількість збережених письмових джерел невелика, а наявні не завжди дозволяють розкрити повну картину подій, що відбувалися. Це стосується й питань, пов’язаних з археологічними розкопами. Річ у тім, що в Одесі ніколи не провадили систематичних археологічних розкопів, які дали б досить матеріалу, щоб стверджувати, де саме й коли засновано Хаджибей, прямий попередник Одеси. Проте після 1991 року велика група істориків і краєзнавців України, а також Болгарії, Сербії, Молдови, Угорщини, Польщі й Туреччини провела серйозну дослідницьку роботу з залученням нових, маловідомих писемних джерел. Завдяки цьому вдалося отримати чіткішу картину того історичного періоду, що його можна назвати «темними століттями» Хаджибея. Поміж наукових праць на цю тему варто згадати роботи Т. Гончарука, Я. Пилипчука, І. Сапожнікова, О. Узелаца, М. Руссєва, Ф. Шабульдо, Б. Черкаса, В. Гюзелева, О. Болдирєва тощо.
Згідно з новими даними, історія середньовічного міста Хаджибея бере початок з періоду, коли Золота Орда (Улус Джучі) взяла під повний контроль Надчорномор’я. За хана Узбека починається розквіт містобудування, безпосередньо пов’язаного з діяльністю володаря Золотої Орди. Виникнення численних міст на величезній території від Сибіру до Дунаю, їхній бурхливий розвиток та економічний розквіт були наслідками цілеспрямованої політики хана Узбека.
На території нинішньої України та Молдови існувало кілька великих золотоординських міст, що їхнє піднесення припало на першу половину XIV ст.: Аккерман, Кілія, Шехр аль-Джедід, Баликлей, Велика Мечетня, Ак-Мечеть, Кучугурське городище, Тавань, городище Конське тощо.
1340 року помер, не лишивши по собі спадкоємців, галицько-волинський князь Юрій II. Ця подія призвела до серйозної зміни політичного ландшафту цілої Східної Європи. Галицько-Волинське князівство довгий час утримувало баланс у відносинах Польщі, Угорщини, Литви, Золотої Орди та Руси. Майже одразу після смерті Юрія II на його спадок заявили претензії Польща, Угорщина та Литва.
Ще за життя Юрій II, за традицією, приділяв велику увагу територіям у межиріччі Прута і Дніпра. Відомо, що ще за галицьких князів Романа (1150–1205) та Данила (1201–1264) ці землі або входили до складу Галицько-Волинської держави, або перебували під її опікою. Збереглася грамота Юрія II, у якій згаданий васал князя, «вірний вельможа» Олександр Молдавович, правитель Русо-Валахії. Арабські історики та географи називали ці землі «країною волохів і русів» — майбутнє Молдовське князівство.
Специфіка ранньомолдовської держави Русо-Валахії полягає в її поліетнічності. Археологічні розкопи свідчать про присутність, починаючи від XI ст., у Пруто-Дністровському межиріччі значної частини вихідців з Галичини. Знахідки галицької кераміки трапляються скрізь, не тільки в молдовсько-слов’янських поселеннях, а навіть у найбільшому золотоординському місті регіону — Шехр аль-Джедіді (Старий Орхей). У XIV ст. основною людністю регіону було молдовани, слов'янське (українське) та татарське, а у Дністровсько-Дніпровському міжріччі домінувало слов’яни (українці) й татари. Щодо прикордонного регіону Східного Прикарпаття, то, згідно зі слов’яно-молдовським літописом, це був «край татарськых кочевнищь».
Основним претендентом на галицький престол по смерті Юрія II був Любарт Гедемінович — його підтримувало Велике князівство Литовське. Ця постать не відповідала інтересам Польщі, Угорщини та Золотої Орди. Усередині Галицько-Волинського князівства Любарт також не знайшов підтримки політичних еліт і через це не зміг зміцнити свою владу. Тим часом Польща та Угорщина уклали договір про розподіл території князівства без участи Литви.
Події навколо Галицько-Волинської держави призвели до конфлікту, що розтягнувся на чотири десятиліття. Активну роль у ньому грала Золота Орда. Спершу ханові Узбеку вдалося вигнати з галицьких земель польські війська, що вдерлися, але трохи згодом Польща та Угорщина відновили боротьбу за ці території.
Смерть хана Узбека 1341 року та перехід влади до його сина Джанібека призвели до помітного послаблення татарського впливу в регіоні. Цим скористалися трансильванські секеї (кочові угорські племена), що завдали 1345 року поразки війську зятя хана Джанібека Атламиша — володаря Західного улусу, що його й у XIV ст. за традицією називали Улусом Ногая. Атламиш під час цієї військової кампанії загинув. Збереглося два докладні повідомлення угорських авторів про ці події, зафіксовані у хроніці Дубниці, датованій XV в.
Ця боротьба відбувалася на тлі бурхливого економічного зростання Золотої Орди, що тривало до середини XIV ст. Але дуже скоро стрімке зростання змінилося таким самим стрімким занепадом, викликаним катастрофічною епідемією чуми та внутрішньополітичними проблемами в Улусі Джучі. Особливо сильно криза вдарила по регіону Дунайсько-Дніпровського міжріччя.
